魚沼神社の創立年代は明らかではありませんが、もとは「上弥彦犬明神（かみやひこだいみょうじん）」とよばれ、安永九 （一七八〇）年に京都の吉田家から、現在の「魚沼神社」と名乗ることを許されたといわれています。中世には上杉家をはじめとした武家の信仰を集めたことから、多くの文化財を所蔵しています。 境内正面の本殿に向かって手前左側にある阿弥陀堂は、高さ約七メートル、桁行約五メートルの三間四方の広さで、一重宝形造茅葺（ほうぎょうづくりかやぶき）のお堂です。昭和二十九（一九五四）年の大規模な解体修理の際、実肘木（さねひじき）という部分に「永禄六年乙丑」の文字が確認されました。このことから建築年代は、永禄六（一五六三）年、あるいは干支からみると永禄八（一五六五）年と推定できます。また、軒の張り出しがきわめて短いことや、正面以外に縁が存在しないことは、豪雪地帯の建物として配慮されたものと推定できます。明治初年の神仏分離で「神輿舎（しんよしゃ）」と改称されましたが、その後ふたたび阿弥陀三尊が安置され、前述の解体修理を機に「阿弥陀堂」の名称に戻したとされています。